L'agricoltura biologica è un metodo di coltivazione che ha come obiettivo il rispetto dell'ambiente, degli equilibri naturali e della biodiversità, della salute dell'operatore e del consumatore.  Si inserisce in un contesto ambientale naturale cercando di conservarne il più possibile le caratteristiche, e il passo successivo a questo sarà un "agricoltura biodinamica" cioè  adatta sia a mantenere la fertilità della terra, sia a produrre alimenti che rafforzino il metabolismo umano.
Molteplici sono state le difficoltà iniziali per l'affermarsi di un'agricoltura biologica, come la mancanza di assistenza tecnica ed organizzazione, l’assenza di tecnici con esperienza, il cominciare a pensare a un’imprenditorialità fortemente legata al territorio. Vista poco più che come come una semplice agricoltura sostenibile per rispettare l'ambiente, l'affermarsi dell’agricoltura biologica iniziò negativamente a causa della contrarietà dei processi nel campo agricolo creati fino alla metà del XX secolo: prodotti chimici, diserbanti e pesticidi che inizialmente portarono ad un aumento della produzione agricola, all'improvviso non vennero più utilizzati.

Nell’agricoltura biologica, nulla c'è dell'agricoltura intensiva che pretende il massimo rendimento per ettaro impiegando sementi selezionate, fertilizzanti, pesticidi. Nell'agricoltura biologica non vengono impiegati antiparassitari: al posto dei pesticidi chimici si usano preparati vegetali, efficaci nel combattere i parassiti ma non pericolosi per l'uomo e per l'ambiente, come i preparati di ortica o altri preparati nati dall'osservazione naturale del fatto che alcune specie selvatiche di patata, per difendersi dall'attacco dei parassiti secernano una sostanza volatile del tutto simile a quella che gli afidi emettono in presenza di pericolo, causando così l'allontanamento degli insetti stessi. Molto spesso c'è da ricordare che l'uso dei pesticidi diventa inefficace perché i parassiti riorganizzando i loro sistemi di difesa diventano resistenti al prodotto chimico; alla  fine la distruzione dei nemici naturali e lo sviluppo di resistenze concorrono ad aumentare i costi, sia per la maggiore intensità dei trattamenti, che per l'uso di pesticidi più costosi.

In agricoltura biologica non vengono neanche usati concimi di sintesi chimica, ma concimi di natura organica dove il più noto è il letame o stallatico. È il concime ideale perché ricco di elementi di fertilità, rende più compatti i terreni sciolti e più sciolti i terreni compatti; per le fermentazioni che lo trasformano riesce ad alzare la temperatura del terreno ed è usato per la preparazione dì semenzai.
Altri concimi organici sono il sangue secco proveniente dai macelli ed opportunamente lavorato, la farina di ossa, le alghe marine, la cenere di legna.

Per quanto riguarda i diserbanti, tecnici ed esperti concordano ancora oggi nel riconoscere la loro importanza nella difesa dei raccolti; ciò significa difesa del reddito dell'agricoltore e quindi contenimento dei prezzi al consumo. Concordano però anche sul fatto che rilevanti sono gli effetti che questi composti determinano sull'ambiente: i diserbanti provocano effetti sulla struttura e sulle funzioni degli ecosistemi riducendo le popolazioni dei vegetali, stimolano o inibiscono la crescita di animali e piante, incrementano o deprimono la capacità riproduttiva di alcune varietà biologiche.

Quindi se da una parte è vero che non si possono sottovalutare i benefici economici sulla produttività e sulla "commerciabilità" del prodotto, dall'altra vi sono molti i lavori scientifici che evidenziano gli effetti nocivi che pesticidi e fertilizzanti hanno determinato sull'ambiente.

L'agricoltura biologica nasce in Germania, Austria e Svizzera nella prima metà del secolo scorso e si estende ad altri Paesi fra cui l’Italia. In Italia lo sviluppo dell’agricoltura biologica ha raggiunto un alto livello a partire da pochissimi anni orsono: oggi però l’Italia rappresenta il secondo Paese dell’U.E. per numero di aziende certificate biologiche e per superfici coltivate a biologico. Un terzo di tutte le aziende biologiche europee è italiano con delle estensioni pari a un quarto delle aree europee destinate alla coltivazione biologica. Ovviamente esistono organismi per il controllo e lo sviluppo del settore biologico, per esempio a capo di enti regionali vi è l’Associazione italiana agricoltura biologica (Aiab) che si occupa anche di assistenza tecnica e ricerca nel campo biologico. Ed è la ricerca stessa che ha portato al concetto moderno di  permacoltura in cui ci si prende cura della terra e anche delle persone.

La richiesta di generi alimentari biologici da parte dei consumatori è in costante aumento. Per quanto riguarda le superfici investite in agricoltura biologica, a livello nazionale la prima regione è rappresentata dall' Emilia Romagna, a cui seguono Sicilia, Sardegna e Puglia.
Dal punto di vista dell’agricoltura biologica, la Puglia fonde le proprie tradizioni millenarie con l'innovazione e la tecnologia: ha raggiunto, infatti, buoni livelli di specializzazione in numerosi comparti. La posizione geografica, la discreta dotazione infrastrutturale e la solidità dei rapporti con il bacino del Mediterraneo, rendono la Puglia una regione con elevate potenzialità economiche dal punto di vista agricolo. Dati relativi al 2005 dimostrano che le aziende biologiche pugliesi risultano pari a 5.715, rappresentate per quasi il 90% da produttori e per poco più del 10% da produttori e trasformatori. Ovviamente, dell'agricoltura biologica pugliese sono rinomati olio, vino, ortofrutta e conserve alimentari.

Un aspetto importante dell’agricoltura biologica sono gli incentivi, infatti a causa delle eccessive spese, l'agricoltura biologica avrebbe un tornaconto relativamente basso: il reddito degli agricoltori biologici viene particolarmente sostenuto dalla Politica Agricola Comune, da aiuti pubblici.da Leggi Regionali per usufruire di contributi per le spese sostenute nel controllo e nella certificazione dei processi produttivi.